pramení na jižních svazích Vlčáku v 512 m n.m
       Jméno Stupava je zmiňováno poprvé již roku 1407 v zápisech zemských desek o darování hradu Střílky markrabětem Joštem Hechtovi z Rosic. V tomto zápisu se uvádí ve výčtu majetku hradu pustý rybník ve Stupavě ('....cum deserta piscina, que est in Stupowa prope in vallibus,...'). Další zápis pochází z roku 1464, roku 1480 je znovu připomínán rybník na Stupavě, náležící ke stříleckému panství. Údolí horního toku Stupavy bylo nazýváno jejím jménem, obec Stupava vznikla až v posledních letech 17. století. 13. července 1695 se říčka mohutně rozvodnila a napáchala mnoho škod, zvláště v městě Kyjově, kde prakticky úplně zničila rozsáhlé předměstí.
       Říčka protéká jako vodárenský tok obcemi Staré Hutě, Stupava, do Koryčanské přehrady, která slouží jako zásobárna pitné vody pro skupinový vodovod. Nad a pod přehradou jsou umístěny vodoměrné stanice. Odsud teče přes Koryčany, Mouchnice, Nemotice, Snovídky údolím oddělujícím Chřiby od Ždánického lesa přes Bohuslavice do Kyjova. V Kyjově byla zřízena vodoměrná stanice již roku 1948. Původně ústila do Moravy, ale vytvořením systému rybníků u Hodonína byl její tok prodloužen až k Dyji do které ústí nad jejím soutokem s Moravou ve výšce 150 m n.m. Plocha povodí činí 665,8 km2, délka toku je 86,7 km.